档案馆下设6个室：

业务指导室负责对学校各立卷部门档案的业务指导、检查、督办,专兼职档案员培训；

保管利用室负责接收符合入库条件的各类档案、库房管理、档案资料查阅窗口服务，参与档案鉴定（开放鉴定和存毁鉴定）；

征集编研室负责档案征集（珍贵史料及名人档案等）、编辑研究、专题出版、宣教应用（专题展览、主题宣教等）；根据国家要求加强数字档案馆建设：影音资料的征集与归档、纸质档案数字化、档案数据系统维护、数字档案管理配套制度建设（安全、利用、存储），部门网站建设；

医学综合室负责针对大医口行政部门、医学专业院系和附属医院的档案业务指导、保管利用、征集编研与利用宣教、数字化建设工作；

行政技术室负责办公室行政公文、内部制度建设、软硬件及数字化设施维护更新保养、摄影摄像；

校史研究室（含校史馆）负责校史资料征集、研究，《校史通讯》编辑，校史馆规划、软硬件管理维护和对外开放，校史馆志愿讲解员培训。