档案馆作为学校公共服务平台，是学校档案的管理部门，又是永久保存和利用本校档案的文化事业机构。所谓学校档案，是指学校和校内各单位、附属医院从事招生、教学、科研、管理等活动直接形成的对学校和社会有保存价值的各种文字、图表、声像等不同形式、载体的历史记录。学校设立档案部门，专门接收、保存和提供利用学校档案，开展学校历史研究。

校史上，档案部门经历了秘书处兼管、档案室和档案馆三个时期。解放前学校虽没有专门的档案部门，但在校秘书处文书组人员的岗位职责中已明确了档案管理的职责。由此，学校的历史档案（1905-1949）得以保存至今，成为研究校史的珍贵史料。这是秘书处监管时期。1960年，学校依据《中共中央关于统一管理党、政档案工作的通知》精神，正式成立全校统一的机关综合档案室，由党委办公室领导。同时，在科研部门专门设立一个岗位，兼职负责科技档案。1981年，设立科技档案室，由科技处领导。这是档案室时期。1987年，随着《中华人民共和国档案法》的正式颁布，次年，复旦大学成为首批建立档案馆的高校，迎来了档案馆时期。档案馆的建立，系统整合了文书档案室、科技档案室，更有利于学校档案资料的集中管理和研究，也有利于全局规划学校的档案工作。1994年，档案馆在档案管理的分工基础上增设校史室。1995年，复旦大学档案工作委员会正式成立。1997年，学校正式颁布《复旦大学档案工作条例（试行）》。2000年，复旦大学与上海医科大学强强联合，组建了新的复旦大学。原上海医科大学档案馆也是二十世纪八十年代首批建设档案馆的高校。还曾多次获奖，获评国家一级档案馆。两校合并后，档案工作进行了实质性的融合，加强了统一规范。并随信息化时代的到来，建成了复旦大学档案信息管理网络（FDA系统）平台，进一步提升了档案的管理和服务水平。因为两校都有悠久的历史和丰富的馆藏，库房和服务窗口分设于邯郸、枫林两个校区。

学校曾于1985年、1995年和2005年三轮修志，分别出版了《复旦大学志（1905-1949）》（1985年版）、《复旦大学志（1949-1988）》（1995年版）和《复旦大学百年志（1905-2005）》（2005年版）、《复旦大学百年纪事（1905-2005）》（2005年版）、《上海医科大学志(1927-2000)》（2005年版）、《上海医科大学纪事(1927-2000)》（2005年版）。在原有校史陈列室的基础上，也于2005年“复旦大学校史馆”、“上海医科大学校史馆”正式建成开放。《校史通讯》报纸累积刊发逾百期，曾获全国优秀奖。

如今，档案馆馆藏12个全宗，共394733卷（截止2016年12月31日，邯郸约22万卷，枫林约17.5万卷）。档案的年增长量约为1.5万卷（邯郸1.1万卷，枫林0.4万卷）。邯郸校区库区536㎡，枫林校区库区972㎡。复旦大学校史馆966㎡，上海医科大学校史馆280㎡。档案馆年度接待量约2500人次，7000卷次；校史馆年度接待量约50000人次。空间局限的问题得到了学校的重视，档案馆枫林校区医学新馆将于2017年建成，建成后将位于枫林校区图书馆9-11层，占地2615.6㎡（其中库区1944.6㎡），大大缓解了空间局限问题，同时补齐了档案管理的收集库存、接待服务、业务技术、校史研究以及宣传展示的功能。而邯郸校区的档案馆规划已经纳入了学校“十三五”规划。

档案馆现内设行政技术、业务指导、保管利用、征集编研、医学综合和校史研究6个科室，服务窗口和库房分别位于邯郸、枫林两个校区。以校档案工作委员会机制及《复旦大学档案工作条例》为制度依据统筹指导规范学校档案工作。作为学校的公共服务平台，日常主要承担档案管理、征集编研、窗口服务和文化宣传的职能。

复旦档案人青灯黄卷，潜心研究、默默服务、孜孜以求。希望以工作实绩努力于学校双一流的建设；服务于广大师生、校友；致力于为校管档守史。