上海医科大学校史馆馆藏共157件，展示了上医1927年到2000年间，从创校的艰辛到抗战时期的动荡，从投身抗美援朝到参与国家公共卫生体系建设等各阶段的历史。主要馆藏展品有：1932年国民政府教育部颁发的院长聘书；颜福庆教授使用过的手表、眼镜、图章等；徐丰彦教授使用过的书写工具；林兆耆教授的手稿；1937年国立上海医学院院旗；“联谊团契”；上海医科大学从1927年创立至2000年与复旦大学合并前所用印章以及各个版本的教材等。